西南医科大学学报由西南医科大学主办，四川省教育厅主管的学术刊物，国内刊号为：51-1772/R。创办于1978年，双月刊，在全国同类期刊中发行数量名列前茅。其主要栏目有：基础医学与研究、临床医学研究、护理学、综述与讲座等。

西南医科大学学报1989年获全国高等医药院校学报质量评比优秀编辑奖，1990年获省首届科技刊物质量评比优秀栏目奖，1992年获省教委高校优秀学报三等奖，1993年获《全国高校学报质量评比》三等奖，《四川省首届优秀期刊评选》编辑加工奖。2010年、2014年及2016年被评为“四川省高校优秀科技期刊”，2014年获批国家新闻出版广电总局认定第一批学术期刊， 2016年被评为“中国高校优秀科技期刊”。